एल-सिस्टीन मुख्यतया औषधि, सौन्दर्य प्रसाधन, जैव रसायन अनुसन्धानमा प्रयोग गरिन्छ; ग्लुटनको गठनलाई बढावा दिन र किण्वन, मोल्ड, र बुढ्यौली रोक्नको लागि रोटी सामग्रीमा प्रयोग गरिन्छ। भिटामिन सीको अक्सीकरण रोक्न र रस खैरो बन्नबाट रोक्न प्राकृतिक रसहरूमा प्रयोग गरिन्छ। उत्पादनको डिटोक्सिफिकेशन प्रभाव छ, एक्रिलोनिट्रिल विषाक्तता, अरोमाटिक एसिडोसिसको लागि प्रयोग गर्न सकिन्छ।